Der Film
„Long ago, the great Frith made the world.“
Frith erschuf all die Sterne, Pflanzen und Tiere und auch El-ahrairah, den König aller Kaninchen. Alle Tiere waren gleich und fraßen freundschaftlich Gras miteinander, doch dann begann El-ahrairahs Sippe sich stark zu vermehren und fraß alles Gras weg. Frith warnte El-ahrairah, dass er sein Volk zügeln solle, denn sonst würde er es tun, doch El-ahrairah wollte das nicht hören und antwortete keck, dass sein Volk das beste der Welt sei. Darauf erzürnte Frith und beschloss jedem Tier ein Geschenk zu machen, dass es einzigartig machte und von den anderen unterschied. Er gab dem Wiesel und dem Fuchs scharfe Zähne und Krallen und das Verlangen zu jagen und zu töten. Ebenso gab er das auch dem Falken, dem Hund und der Katze und fortan begannen alle Elil El-ahrairahs Volk zu jagen und zu töten. Eh-ahrairah erschrak und als er Frith auf sich zukommen sah versteckte er sich schnell in einem Loch und tat ganz geschäftig – nur sein Hinterteil schaute noch aus dem Loch heraus. Frith sagte zu ihm, dass er herauskommen solle, damit er ihm auch sein Geschenk machen könne, doch El-ahrairah erwiderte nur frech, dass er keine Zeit habe und Frith ja stattdessen sein Hinterteil segnen könne. Das tat Frith auch. El-ahrairahs kleines Schwänzchen wurde zu einer großen, weißen, leuchtenden Blume und seine Hinterbeine wurden länger, drahtiger und kräftiger. Auch sein restliches Aussehen veränderte sich und er wurde allgemein schmäler und drahtiger – jetzt konnte er sausen wie der Wind und konnte vor den Elil weglaufen.
Frith gab El-ahrairah noch eines mit auf den Weg: "Die ganze Welt wird dein Feind sein, Fürst mit tausendfachen Feinden, und wann immer sie dich fangen, werden sie dich töten. Aber zuerst müssen sie dich fangen, Gräber, Lauscher, Läufer, Fürst der schnellen Warnung. Sei schlau und voller Listen, und dein Volk wird niemals vernichtet werden."
Auf einer Wiese grast im Sonnenuntergang eine Gruppe Kaninchen und zwei junge Rammler kommen dazu: Hazel und sein jüngerer Bruder Fiver. Die beiden machen sich auf die suche nach Flayrah, als im roten Licht der untergehenden Sonne, dem jungen Fiver eine Vision erscheint. Er sieht wie sein Volk und seine Heimat von einer großen Katastrophe dahingerafft werden und sofort warnt er seinen Bruder eindringlich länger hier zu verweilen. Da Hazel weiß, dass an den Visionen seines Bruders oft etwas wahres dran ist, versucht er ein Gespräch mit dem Threarah – dem Oberkaninchen – zu bekommen. Dieser ist jedoch nicht von der Idee begeistert, das Gehege zu verlassen und schickt die beiden weg.
Weil Fiver nicht aufhört zu drängen beschließt Hazel, der inzwischen andere Kaninchen vor der drohenden Gefahr gewarnt hat, noch in der selben Nacht mit allen, die mitwollen, zu flüchten. Einige schließen sich ihnen an, darunter Silver, der Neffe des Threarah, der kluge Blackberry, der flinke Dandelion und auch der starke Owsla-Offizier Bigwig. Der Owsla-Hauptmann Holly versucht mit seiner Truppe die flüchtenden wieder einzufangen, doch schließlich überrumpelt Bigwig Holly und Hazel und die anderen können fliehen. Sie laufen durch die Nacht, entgehen nur knapp einem lendri und kommen schließlich etwas zur Ruhe.
Am nächsten Morgen kommen sie an einen Fluss, dort spürt ein Hund ihre Fährte auf und kommt ihnen gefährlich nahe. Blackberry entdeckt ein Stück Holzplanke und erkennt sofort, dass es auf dem Wasser treibt. Aus der Not heraus ist so die Idee geboren, es als Untersatz zu nehmen, für die Kaninchen die nicht schwimmen können (Fiver und Pipkin). Bigwig und Silver stoßen die Planke mit der Nase auf dem Fluss vorwärts und so kommen alle Kaninchen heil ans andere Ufer.
An diesem und dem darauffolgenden Tag erleben sie so einiges, von einem Habicht die das einzige Weibchen der Gruppe reißt, bis hin zu Ratten in einer Kirche bei Nacht Streit anfangen.
An einem regnerischen Tag erreichen sie ein fremdes Gehege und lernen den merkwürdigen Cowslip und seine Leute kennen. Diese laden sie ein, bei ihnen zu bleiben, da es Bauten und Flayrah für alle gibt – auf Fragen bezüglich des Geheges und des Futters antworten die fremden Kaninchen jedoch nicht. Fiver spürt sofort, dass hier etwas nicht stimmt und je merkwürdiger sich die Fremden verhalten, desto nachdenklicher wird auch Hazel. Fiver flüchtet schließlich aus dem Bau und verbringt die regnerische Nacht alleine draußen unter dem Schutz eines Baumes. Am nächsten Tag kommen Hazel und Bigwig um ihn zum Reinkommen zu überreden – Bigwig ist wütend über Fivers Reaktion und als er zurück zu den anderen will und durch eine Hecke hoppelt bleibt er mit dem Kopf in einer Drahtschlinge stecken. Schnell sind die anderen zusammengetrommelt um ihm zu helfen – einzig Cowslip und seine Leute ignorieren was draußen geschehen ist. Gemeinsam graben und nagen sie so lange an dem Pflock herum, der die Schlinge spannt, bis Bigwig frei ist – doch es scheint für den ehemaligen Owsla-Offizier zu spät zu sein. Die Kaninchen rezitieren einen alten Spruch, der den Toten mitgegeben wird („Mein Herz hat sich mit den Tausend verbunden, denn nie wieder wird mein Freund mit mir um die Wette laufen.“) und beschließen sich dann an Cowslip und den anderen zu rächen. In diesem Moment regt Bigwig sich wieder und schwer verletzt hievt er sich hoch. Fiver rät den anderen sofort zu verschwinden und sie machen sich auf den Weg.
Auf ihrem weiteren Weg kommen sie an einer Farm vorbei und Hazel – in seiner Neugier – schaut mit Pipkin nach, ob es dort Kaninchen gibt. Er findet Clover und die anderen und fragt sie, ob sie sich ihnen anschließen wollen. Schließlich müssen sie vor der Hofkatze fliehen und gehen zurück zu den anderen.
Als sie sich bereits ihrem Ziel nähern hören sie plötzlich ein Wehklagen, das nach Bigwig ruft – es ist Hauptmann Holly der sich völlig entkräftet und verletzt hinter ihnen hergeschleppt hat. Er erzählt von der brutalen Ermordung der Kaninchen in Sandleford und dass er nach seiner Flucht die Bekanntschaft mit fremden gnadenlosen Kaninchen in einem Gehege namens Efrafa gemacht hat. Diese hätten ihn so zugerichtet, weil er fliehen wollte – ebenso erzählt er von Blackavar und Hyzenthlay, die auch fliehen wollten, aber erwischt wurden.
Schließlich erreichen sie nach einem weiteren Marsch Watership Down und erklimmen den Hügel. Sie beginnen den alten Bau unter der Buche für sich geräumig einzurichten und führen ein geruhsames Leben, bis Hazel feststellt, dass sie kein einziges Weibchen im Gehege haben und dass sie so über kurz oder lang aussterben würden.
Etwa zur selben Zeit treffen sie auf Kehaar, der verletzt ist und den sie gesundpflegen. Dieser stellt schnell fest, dass die Kaninchen keine „Mütter“ haben und schlägt von sich aus vor, ihnen zum Dank zu helfen. Als er wieder gesund ist fliegt er los und kehrt erst nach Tagen mit den Nachrichten zurück, dass es in Efrafa viele Kaninchenmütter gäbe.
In der Zwischenzeit hatten Hazel und die anderen bereits auf der Nuthanger Farm die Kaninchen befreit, doch dabei war Hazel angeschossen worden und wurde von Dandelion und Blackberry zurückgelassen. Fiver der instinktiv spürt, dass sein Bruder nicht tot ist macht sich auf die Suche nach ihm und in einer Mischung aus Traum und Vision (untermalt von „Bright eyes“) findet er ihn schließlich – nicht ganz ohne Hilfe des schwarzen Kaninchens – in einem Abflussrohr in der Nähe der Farm. Gemeinsam schleppen sie sich zurück zu Watership Down, wo Kehaar die Schrotkörner aus Hazels Wunde pickt und nebenher von seiner Entdeckung erzählt. Hazel beschließt, dass sie sich von dort Weibchen besorgen könnten.
Sie begeben sich, als es Hazel wieder besser geht, auf den Weg nach Efrafa und als es keine andere Chance gibt ergibt sich Bigwig und lässt sich von einer Patrouille zu Woundwort bringen. Er stellt sich dort als Wanderer vor, der sich ihnen anschließen will und bekommt von Woundwort einen Posten in einer Patrouille unter Campions Kommando zugewiesen. Bei der erst besten Gelegenheit tritt er mit Hyzenthlay in Verbindung und erzählt ihr von seinem Plan – die junge Gefangene vertraut auf die Worte des Fremdlings und trommelt so viele wie möglich zusammen, die fliehen wollen, darunter auch der entstellte Blackavar.
Mit Kehaars Hilfe fliehen die Kaninchen aus Efrafa hinunter zum Fluss, wo bereits Hazel und die anderen mit einem Boot warten und auf dem Fluss Woundwort und seiner Owsla entkommen.
Es dauert kaum lange, da hat Woundwort schon das Gehege der „Fremden“ entdeckt und bläst zum Angriff. Ein erbitterter Kampf entbrennt zwischen den beiden Stämmen und Hazel weiß sich nur zu helfen, in dem er mit Blackberry, Dandelion und Hyzenthlay zur Farm geht und den Hund herlockt. Er betet noch zu Frith und bietet ihm sein Leben für das seiner Sippe an.
Während sie noch den Hund zum Hügel locken wütet sich Woundwort durch die Gänge der Honigwabe und tötet dabei Blackavar. Ein Kampf entbrennt schließlich zwischen dem Anführer der Efrafas und Bigwig und wird erst dadurch unterbrochen, dass der Hund auf den Hügel stürmt und Efrafa-Kaninchen reißt. Mutig stellt sich Woundwort dem Hund entgegen und man erfährt nie, ob er beim Kampf gestorben ist, oder ob er irgendwo noch weiterlebt.
Einige Sommer später sieht man den alten Hazel gemütlich Gras mümmeln und seine Sippe beobachten. Da kommt auf einmal El-ahrairah zu ihm und bietet ihm einen Platz in seiner Owsla an – der müde alte Hazel nimmt das Angebot an und zusammen mit dem schwarzen Kaninchen gehen sie dahin.