Das Buch
Teil 1 – Die Reise
Der junge Rammler Fiver prophezeit seinem älteren Bruder Hazel, dass etwas schreckliches in ihrem Gehege geschehen wird, das alle Kaninchen töten wird. Da Hazel es gewöhnt ist auf die Warnungen seines Bruders zu hören beschließt er nachzusehen und entdeckt eine Anschlagtafel der Menschen. Obwohl es ihm nicht behagt will er mit Threarah dem Oberkaninchen sprechen. Bigwig, ein Owslahauptmann der den Bau des Threarah bewacht weigert sich zuerst, lässt die beiden dann aber doch passieren. Hazel und Fiver erzählen dem Oberkaninchen was Fiver in seiner Vison gesehen hat, doch dieser tut es als Hirngespinnst ab und schickt die beiden fort. Fiver lässt jedoch nicht locker und so erzählen die beiden so vielen Kaninchen wie möglich davon und versuchen sie dazu zu bewegen mit ihnen zu kommen und das Sandlefordgehege zu verlassen. Mit ihnen kommen schließlich Bigwig, Blackberry, Buckthorn, Dandelion, Pipkin, Silver und die im Verlauf der Geschichte eher unauffällig bleibenden Acorn, Hawkbit und Speedwell.
Sie erleben einiges, von der Überquerung des Flusses Enborne, bis hin zu einem Dachs, und landen schließlich auf einem idyllischen Plätzchen, das mit großen, kräftigen und schönen Kaninchen bewohnt ist. Dort lernen sie Cowslip kennen, der eine Art Oberkaninchen dort ist, aber im Vergleich zu den anderen sind diese Kaninchen merkwürdig. Sie legen eine seltsame Art an den Tag und weichen jeder Frage aus, die Hazel & Co. Ihnen stellen. Hazel, Bigwig und die anderen planen schon, sich dort häuslich niederzulassen, da Cowslip ihnen dieses Angebot gemacht hatte, doch Fiver warnt seine Freunde vor einer Gefahr. Zuerst wollen sie nicht auf ihn hören und fressen von dem guten und viel vorhandenen Futter, das die Kaninchen von einer Wiese unweit ihres Baues im wahrsten Sinne des Wortes „aufsammeln“.
Wie sich jedoch später zeigt haben die Gehegebewohner einen sprichwörtlichen Pakt mit dem Teufel geschlossen, der in verschlüsselter Form auch in ihrer Poesie thematisiert wird: Zwar sorgt ein Mensch für das leibliche Wohl der Kaninchen, indem er sie mit Futter versorgt und vor Feinden wie Füchsen schützt, aber dafür tötet er immer wieder einzelne Kaninchen durch ausgelegte Drahtfallen. Nachdem Bigwig in eine derartige Falle gerät und fast getötet wird, machen sich die Flüchtlinge auf den Weg zu dem in südlicher Richtung gelegenen Hügel Watership Down, der von Fiver als neue Heimat auserkoren wurde. Strawberry, dessen Weibchen Nildro-hain vor kurzem getötet wurde, schließt sich der Gruppe an.
Teil 2 – Watership Down
Nach einer – für Kaninchen – langen Reise erreichten sie schließlich Watership Down und beginnen ganz oben auf einem Hügel mit etwas Gehölz einen eigenen Bau anzulegen, die „Honigwabe“. Eines Tages finden Hazel und Bigwig Hauptmann Holly und den Outskirter Bluebell, beide geschunden und Holly sogar ziemlich stark verletzt. Die beiden erzählen, dass das Gehege auf grausame Weise zerstört und die Kaninchen getötet worden waren. Sie beide seien wohl als einzige entkommen. Sie waren den Spuren von Hazel & Co. gefolgt und schließlich in Cowslips Gehege gelandet. Dort hätte man sie zwar nett empfangen, aber nach einigem Durcheinander und vielen Fragen ihrerseits hätten die fremden Kaninchen sie angegriffen und sogar versucht sie zu töten. Den beiden gelang trotz allem die Flucht, doch Holly musste ein zerfetztes Ohr als Trophäe davontragen. Sie hatten danach weiter nach Hazel, Bigwig und den anderen gesucht und sie schließlich hier gefunden.
Kurz darauf – nachdem Hazel einer Maus das Leben gerettet hatte, was ihn auf eine grandiose Idee brachte – fanden sie Keehar, eine verletzte Lachmöwe. Nach einigen anfänglichen Schwierigkeiten, hauptsächlich der Kommunikation wegen, schafften sie es ihn dazu zubewegen mit ihnen zu kommen und pflegten ihn gesund. Somit hatten sie einen neuen Freund gefunden, der ihnen von großem Nutzen sein konnte.
Inzwischen war den Kaninchen auch aufgefallen, dass ihr Gehege ausschließlich aus Rammlern bestand und dass sie zum Fortbestand des Geheges unbedingt Zibben (Weibchen) brauchten. Der gesundete Keehar erklärte sich bereit über die Gegend zu fliegen und nach Zibben Ausschau zu halten. Er entdeckte Zibben und Rammler in der nahegelegenen Nuthangerfarm und ein gutes Stück weiter sogar ein riesiges Gehege voller Hasen – Efrafa.
Schließlich werden Holly, Silver, Buckthorn und Strawberry nach Efrafa ausgesandt um dort ein paar Weibchen für ihr Gehege zu erbitten. Anstatt jedoch mit den daraufhin ausgesandten vier Boten über das Überlassen einiger überzähliger Weibchen zu verhandeln, zwingt sie das dortige Oberkaninchen General Woundwort dazu, sich dem Efrafa-Gehege anzuschließen. Holly und den anderen Gesandten gelingt zwar die Flucht, aber sie kehren ohne Weibchen nach Watership Down zurück.
Indessen waren Hazel, Bigwig, Blackberry, Pipkin, Speedwell, Dandelion und Hawkbit zur Nuthangerfarm aufgebrochen um die dortigen Kaninchen – zwei Rammler und zwei Zibben – zur Flucht zu überreden. Nach Bigwigs Kampf mit einer Katze und einer Flucht vor den Menschen gelang es ihnen Boxwood, Clover und Haystack mitzunehmen. Jedoch wurde Hazel am Lauf von einem Gewehrschuss getroffen und die anderen hielten ihn für tot. Mit letzter Kraft schleppte er sich noch in ein Abflussrohr, damit die Menschen ihn nicht fanden. Alle waren über sein Dahinscheiden betrübt und trotz allem war sich Fiver sicher, dass sein Bruder noch lebte. Er überredete Blackberry mit ihm noch einmal hinunter zur Nuthangerfarm zu gehen und nach Hazel zu suchen. Sie fanden ihn in dem Abflussrohr und schleppten ihn in einen naheliegenden Graben. Nachdem Keehar die Schrotkugeln entfernt hatte heilte Hazels Lauf langsam wieder und nach ein paar Tagen konnte er den Weg bis zur Honigwabe zurücklegen.
Nachdem Hazel fast wieder komplett genesen war machten sich fast alle Mitglieder des Geheges auf nach Efrafa um mit einer List an weitere Zibben zu kommen.
Teil 3 – Efrafa
General Woundwort, der Gründer des Efrafa-Geheges, wird wegen seiner legendären Kampfkraft respektiert und gefürchtet. Als Junges musste er mit ansehen, wie seine Mutter getötet wurde und wurde eine Zeit lang von einem Mann aufgepäppelt, bis er schließlich ausbrach. Erst lebte er in einem Gehege mit anderen und errang dort den Posten des Oberkaninchens, doch als es dort zu voll wurde, beschloss er mit seinen Anhängern ein neues Gehege zu gründen. Um sein Volk vor Feinden zu schützen, hat er ein totalitäres Gesellschaftssystem installiert, das auf der ständigen Überwachung aller Untertanen basiert, die dazu unter anderem mit speziellen Markierungen versehen werden. Obwohl der Kaninchenbau inzwischen überfüllt ist und viele der gestressten Zibben keine eigenen Junge mehr bekommen können, sind Ausbruchsversuche streng verboten.
Um einen aussichtslosen Kampf gegen die zahlenmäßig weit überlegenen Gegner zu vermeiden, gibt sich der als Spion auserkorene Bigwig als wandernder Junggeselle aus, der Anschluss an ein Gehege sucht. Aufgrund seiner Kampfkraft erhält er tatsächlich eine Stelle in der Owsla von Efrafa und kann in der Folgezeit einige Zibben um die Anführerin der Rebellinnen, Hyzenthlay, davon überzeugen, einen Ausbruchsversuch mit ihm zu wagen. Woundwort vereitelt jedoch eher zufällig den ersten Ausbruchsversuch, indem er Bigwig im entscheidenden Moment anspricht und zu einer Unterhaltung zu ihm bittet. Die vorlaute junge Zibbe Nelthilta verrät schließlich sogar das geplante Ansinnen, aber gleichzeitig gelingt Bigwig während eines schweren Gewitters zusammen mit zehn Weibchen und Blackavar die Flucht. Weil er trotz seiner Fähigkeiten als Spurenleser nicht in die Owsla von Efrafa aufgenommen wurde, unternahm Blackavar einen Monat zuvor einen gescheiterten Ausbruchsversuch, woraufhin er zur Abschreckung anderer unzufriedener Gehegebewohner gefoltert wurde. Um den dem Tode geweihten Gefangenen nicht zurücklassen zu müssen, änderte der großes Mitleid mit ihm empfindende Bigwig seinen ursprünglichen Plan und riskierte beim Angriff auf dessen Wächter sogar das Scheitern des Plans. In der anschließenden Verfolgungsjagd werden Bigwig und seine zu ihm gestoßenen Gefährten im Kampf gegen die Verfolger um General Woundwort tatkräftig von Kehaar unterstützt und entkommen schließlich mit einem kleinen Boot auf dem Test.
Teil 4 – Hazel-rah
Auf dem Boot entkommen treiben die Kaninchen nun den Test abwärts und schaffen es an einer gemauerten Brücke aufs Festland. Mit allen Zibben – bis auf zwei, die auf dem Weg verstorben waren – kamen sie schlussendlich in Watership Down an, jedoch wurden sie von Hauptmann Campion und seiner Patrouille unbemerkt verfolgt. General Woundwort rückt mit zwei Dutzend seiner besten Owslas an um Hazel und den anderen den Gar auszumachen und die Zibben zurück nach Efrafa zu bringen. Der Überraschungsmoment wäre auf seiner Seite gewesen, hätte nicht eine Feldmaus sie entdeckt und es Hazel berichtet. Daraufhin schütteten die Kaninchen alle Läufe zum Bau zu, bis auf einen und verschanzten sich im großen Bau. Jedoch begannen nun die Efrafas sich von oben nach ihnen durchzugraben. Hazel hatte im entscheidenden Moment eine Idee und rannte mit Dandelion und Blackberry so schnell ihn sein verletzter Lauf trug zur Nuthanger Farm um den dortigen Hund bis nach Watership Down zu locken. Während die beiden anderen den Hund nach Watership Down brachten und er viele der Efrafas tötete und auch General Woundwort von ihm weggerissen wurde – wobei man seine Leiche nie fand – wurde Hazel von der Hofkatze angegriffen und gerade noch von Lucy, der Tochter des Farmers, gerettet. Diese zeigte ihn dem Doktor und lies ihn dann wieder frei.
Groundsel, Thistle und drei weitere Efrafa-Kaninchen schloßen sich nach dem Kampf dem Gehege von Watership Down an und einige verletzte kehrten unter Hauptmann Campions Leitung wieder zurück nach Efrafa. Efrafa uns Watership Down leben seither in Frieden und als der Wurf von Clover, Hythenzlay und Vilthuril im nächsten Frühjahr alt genug sind wurde ein Gehege unter der Leitung von Groundsel auf halbem Wege zwischen den beiden Gehegen angelegt. Buckthorn und Strawberry stehen Groundsel als Berater beiseite und auch junge Kaninchen von Efrafa wurde unter der Leitung von Hauptmann Avens in das neue Gehege gebracht.
In einem emotionalen Schluss nach dem letzten regulären Kapitel des Buches wird der alt gewordene Hazel, dessen Abenteuer selbst zur Legende geworden sind, nach seinem Tod von El-ahrairah dazu eingeladen, in seine Owsla einzutreten. Dass es sich dabei eindeutig um El-ahrairah und nicht etwa um ein Owslamitglied oder gar den Sonnengott Frith handelt, wie teilweise behauptet wird, beweisen die zwei folgenden Textauszüge: „[Frith im Gespräch mit El-ahrairah:] Aber da wir gerade von Geschenken sprechen, ich habe dir ein paar Kleinigkeiten mitgebracht. Ein Paar Ohren, einen Schwanz und Barthaare. Du magst die Ohren zuerst etwas seltsam finden. Ich habe etwas Sternenlicht hineingetan“ und „Dann sah er [Hazel], daß die Ohren des Fremden in einem schwachen silbernen Schein in der Dunkelheit leuchteten.